Mols Naturenergi sørger for professionel administration af sine projekter via samarbejde med Mols Administration. Selskabsadministrationen udføres af professionelle, der sørger for den daglige ledelse i projekterne samt en løbende rapportering til investorerne. Du kan se mere om selskabet her www.molsadministration.dk
Endvidere er der i alle Mols Naturenergis projekter lavet aftaler med professionelle firmaer, der varetager såvel den teknisk som den administrativ ledelse i det land, hvor anlæggne står. Disse firmaer har typisk et godt kendskab til det enkelte projekt, som følge af lokalkendskab eller involvering i projektet fra start.
Samtlige projekter har ligeledes tilknyttet en udenlandsk revisor, som udarbejder de nødvendige opgørelser m.v. i det pågældende land, således at dette også er gjort af professionelle, der er vant til det landets system.